Nakon eksplozije 5. juna odlučeno je da Spomen-kosturnica bude izgrađena. Nažalost, kosturnica nije mogla biti otvorena tačno na godišnjicu nesreće. Otvorena je malo kasnije, odnosno 22. jula 1942. godine. Projektom izgradnje rukovodio je slavni arhitekta Aleksandar Deroko. Za potrebe izgradnje Spomen-kosturnice nekadašnja priprata crkve je morala biti uklonjena. U kosturnicu je upisano ukupno 485 imena žrtava, a u tom spisku se ne nalaze imena poginulih putnika voza br. 4714, niti stanovnika drugih mesta koji su se tog dana nalazili u Smederevu.
U eksploziji koja se dogodila 5. juna poginulo je više od polovine stanovnika, a tačne brojke žrtava se ne znaju. Razlozi su brojni, a jedan od ključnih jeste taj što je 5. jun bio izuzetno topao, zaraza je pretila gradu i zbog toga se moralo brzo sahranjivati, često bez ikakvih podataka o poginulima.